HMMER: utilisation de HMM (S. Eddy)
Phylogénie
PHYLIP
: PHYLogeny Inference Package
(Felsenstein).
fastDNAml
(version 1.2) : Construction d'arbres phylogénétiques
de séquences d'ADN par la méthode du maximum de vraisemblance.
Implémentation très rapide du programme DNAML du package
PHYLIP (Olsen, Matsuda, Hagstrom, Overbeek).
BionNJ (nouveau) : Calcul d'arbre phylogénétique par une version
améliorée de l'algorithme NJ, adaptée aux distances évolutives obtenues à partir de séquences alignées
Recherche
de gènes et régions codantes
|
transeq
: traduction d'une séquence nucléique
getorf : Extraction d'ORFs
(Open Reading Frames).
plotorf: Graphe des ORFs
potentiels.
backtranseq : traduction
inverse d'une protéine en ADN
prettyseq : output sequence
with translated ranges
showorf : affichage améliorée
des traductions d'une séquence
chips : statistiques d'usage
des codons
codcmp : comparaison de tables
d'usage de codons
syco: statistiques de Gribskov
sur l'usage de codons synonymes
coderet: extraction de CDS,
mRNA et de traductions des tables de features d'une entrée
de banque
marscan: recherche de sites
MAR/SAR dans une séquence nucléique |
Recherche
et extraction de motifs
Cette page propose différents
outils pour la recherche de motifs connus ou l'extraction de motifs
à partir d'un ensemble de séquences.
Recherche d'un motif
Attention, les interfaces Web n'autorisent
pas l'utilisation de la syntaxe PROSITE complète pour les programmes
fuzztran, fuzznuc et fuzzpro.
| |
fuzztran:
recherche d'un motif protéique après traduction
fuzznuc : Recherche d'un
motif donné dans une séquence d'ADN
fuzzpro : Recherche d'un motif
donné dans une protéine. Voir le programme PROSE
pour utiliser la syntaxe complète PROSITE.
sigscan : Recherche d'une signature
de séquence de protéine dans Swissprot
siggen : Génération
d'une signature de séquence de protéine |
Recherche de répétitions
| |
einverted:
recherche de répétitions inversées.
equicktandem : recherche
de répétitions en tandem.
etandem: recherche de
répétitions en tandem dans une séquence d'ADN,
d'une taille suggérée par etandem.
palindrome : recherche
de répétitions inversées dans une séquence
d'ADN. |
RepeatMasker
: recherche de répétitions
et de régions de faible complexité dans une séquence
d'ADN (Arian Smith).
Sputnik
: recherche des séquences microsatellites dans des séquences
d'ADN (Chris Abajian).
HMM (Hidden Markov Models)
HMMER:
utilisation de HMM (S. Eddy)
Divers
| |
msbar
: Mutations illimitées d'une séquence.
compseq: Comptage des
compositions des dimères, trimères, etc... dans
une séquence.
shuffleseq : Mélange
de séquences en maintenant la composition.
chaos : Create a chaos game
representation plot for a sequence.
freak : Table ou courbe
de fréquences de résidus/bases. |
Outils
pour les séquences
Conversions de formats de séquences
READSEQ
: utilitaire de base de conversion de format
CLUSTALW :clustalw permet aussi des conversions, et reconnaît
plusieurs formats, dont GDE (Genetic Data Environment)
Features
| |
extractfeat:
Extraction des features d'une séquence.
infoseq : Affichage de
quelques informations simples d'une séquence.
maskseq : Masquage de régions
d'une séquence.
profit : Recherche dans
une séquence ou une base de donnée à partir
d'une matrice ou un profil
dreg : Cherche une expression
régulière dans une séquence nucléique
preg : Cherche une expression
régulière dans une séquence protéique
seqmatchall : Compare
toutes les séquences entre elles.
maskfeat: Masquage des
features d'une séquence.
showfeat: Affichage des
features d'une séquence. |
Édition de séquence
| |
biosed:
Remplacer ou supprimer une section de séquence spécifiée
par son contenu.
cutseq: Supprimer une section
de séquence.
pasteseq: Insérer
une séquence dans une autre.
extractseq: Extrait
une ou des régions d'une séquence.
degapseq: Enlève
les gaps d'une séquence.
descseq: Change le nom
ou la description d'une séquence.
trimest : Retirer les
poly-A de séquences d'EST.
vectorstrip : Élimination
des séquences de vecteur de clonage.
trimseq: Supprime les
bits ambigus à la fin de la séquence. |
Manipulation de séquences
| |
listor:
Produit un fichier listant l'union de deux fichiers de séquences
(OU logique).
seqret : Lit et retourne
une séquence
newseq : Ecrit une nouvelle
séquence.
notseq: Exclusion de séquences
d'un fichier.
nthseq: Écrit une
séquence parmi plusieurs séquences.
splitter: Éclate
une séquence en plusieurs petites séquences recouvrantes.
|
Analyses
de séquences de protéines
Analyse de Structure
|
pepcoil:
Prédiction de régions "coiled coil"
pepwheel: Montre une
séquence de protéine sous forme d'hélice
pepnet: Affiche une protéine
sous forme de réseau d'hélices
helixturnhelix:
Affiche les sites de liaisons nucléiques
sigcleave: Affiche les
sites de signal de clivage
tmap : Graphe des régions
transmembranaires
|
Structure
secondaire |
scope:
Convertit un fichier de classification SCOP dans un format similaire
au format EMBL
nrscope: Convertit un fichier
redondant de classification SCOP de format EMBL en un fichier non-redondant
domainer: Construit un
fichier de coordonnées |
Structure tertiaire |
Recherche de motifs
| |
fuzzpro
: Recherche d'un motif donné dans une protéine.
Voir le programme PROSE pour utiliser la syntaxe complète
PROSITE.
fuzztran: Recherche d'un
motif protéique après traduction.
patmatdb : Recherche
d'un motif dans des séquences de protéines.
patmatmotifs : Recherche
des motifs d'une séquence de protéine à partir
d'une banque de motifs.
|
Attention, les
interfaces Web n'autorisent pas l'utilisation de la syntaxe PROSITE
complète pour les programmes fuzztran, et fuzzpro.
Composants de protéines
| |
antigenic
: Recherche de sites antigéniques dans une protéine.
helixturnhelix
: Sites de liaison d'acides nucléiques.
pepcoil : Prédiction
de régions "coiled coil".
pepnet : Affiche une protéine
comme un réseau d'hélices.
pepwheel : Affiche une
protéine comme des hélices.
pscan : Recherche de motifs
de la banque PRINTS dans une séquence.
sigcleave : Prédit
les sites de clivages de "peptides signaux".
oddcomp : Recherche les
régions dont la compositions est biaisé.
tmap : Graphe des régions
transmembranaires.
TopPred 2 : prédiction
topologique de régions transmembranaires. |
Propriétés de protéines
| |
emowse
: Identification de protéines par spectrométrie
de masse
checktrans : Statistiques
sur les propriétés des ORF.
digest : Prédiction
de profils de digestion par des enzymes protéolytiques
ou des réactifs chimiques.
pepwindow : Trace l'hydropathie
d'une protéine.
pepwindowall : Trace
l'hydropathie d'un ensemble de protéines alignées.
pepinfo : affiche en parallèle
l'acide aminé et ses propriétés.
octanol : Graphique de
la différence de solubilité en octanol et en eau
d'une protéine.
iep : Calcul du point isoélectrique
d'une protéine.
pepstats : Statistiques
sur les protéines.
mwfilter: Filtrer le
bruit de fond dans les poids moléculaires en sortie d'une
spectrométrie de masse.
prettyplot : Équivalent
de prettyplot d'EGCG. Propose également une sortie texte
pour les alignements.
hmoment : Calcul de moment
hydrophobique.
charge : Courbe de charge. |
Cinétique Enzymatique
| |
findkm:
Calcule le Km et la Vmax d'une réaction enzymatique.
|
Analyses
de séquences d'ADN
Recherche de motifs
| |
fuzznuc
: Recherche d'un motif donné dans une séquence d'ADN
fuzztran: recherche d'un
motif protéique après traduction |
Attention, les interfaces
Web n'autorisent pas l'utilisation de la syntaxe PROSITE complète
pour les programmes fuzztran et fuzznuc.
Sites de restriction
| |
restrict
: Recherche de site de clivage d'enzymes de restriction.
redata : Recherche dans
REBASE d'un nom, d'une référence ou d'un fournisseur
d'enzyme.
restover : Recherche
les sites de restriction qui produisent des extrémités
cohésives.
recoder : Enlève
les sites de restriction sans modifier la traduction
remap : Affiche une séquence
avec les sites de restriction, la traduction, etc...
silent : Criblage par enzymes
de restriction de mutations silencieuses. |
Facteurs de transcription
| |
tfscan
: recherche des facteurs transcription dans une séquence
d'ADN. |
Répétitions
RepeatMasker
: recherche de répétitions et de régions de faible
complexité dans une séquence d'ADN (Arian Smith).
Sputnik
: recherche des séquences microsatellites dans des séquences
d'ADN (Chris Abajian).
| |
einverted:
recherche de répétitions inversées.
equicktandem : recherche
de répétitions en tandem.
etandem: recherche de
répétitions en tandem dans une séquence d'ADN,
d'une taille suggérée par etandem.
palindrome : recherche
de répétitions inversées dans une séquence
d'ADN.
|
Usage des codons, composition
| |
chips
: statistiques d'usage des codons.
codcmp : comparaison de
tables d'usage de codons.
syco : statistiques de Gribskov
sur l'usage de codons synonymes.
cusp : crée une table
d'usage des codons.
wordcount : Comptage
des mots d'une taille donnée dans une séquence d'ADN.
geecee : Calcule le pourcentage
de GC d'une séquence nucléique |
Îlots CpG
| |
cpgreport
: Liste les régions riches en CpG
newcpgreport : Liste
les régions riches en CpG
newcpgseek : Liste
les régions riches en CpG (révision de cpgreport)
cpgplot : Graphique des
régions riches en CpG |
Primers
| |
primersearch
: Recherche de paires de primers dans des séquences nucléiques.
Eprimer3 : Recherche d'amorces de PCR
|
Propriétés de l'ADN
| |
dan
: Calcule la température de fusion DNA RNA/DNA.
isochore : Graphe des
isochores dans de grandes séquences d'ADN.
showseq : Affiche une
séquence avec ses caractéristiques, traduction...
banana: Bending and curvature
plot in B-DNA. |
Divers
| |
wordmatch
: Recherche de toutes les sections identiques d'une taille donnée
entre deux séquences d'ADN.
revseq : Inverse et complémente
une séquence.
lindna : Affiche la représentation
des cartes linéaires de constructions d'ADN.
cirdna : Affiche la représentation
des cartes circulaires de constructions d'ADN.
wobble : Wobble base plot.
cai : affiche les codons synonymes
par statistiques de Gribskov.
btwisted : Calcul le
twisting dans une séquence d'ADN.
vectorstrip : Élimination
des séquences de vecteur de clonage.
abiview : Lecture et affichage
de fichier de trace ABI.
coderet: Extraction de
CDS, mRNA et de traductions des tables de features d'une entrée
de banque.
marscan : Recherche de
sites MAR/SAR dans une séquence nucléique.
trimest : Retirer les
poly-A de séquences d'EST. |
| |
palindrome
: recherche de répétitions inversées dans
une séquence nucléique. |